Chăn nuôi là một hoạt động nhỏ. Nhu cầu về thịt bò tăng vào những năm 1900 và nông dân thường chuyển từ chăn nuôi bò sữa sang sản xuất thịt bò chất lượng cao (và chi phí cao), chẳng hạn như thịt bò Kobe. Trong suốt những năm 1980, sản xuất thịt bò trong nước đáp ứng hơn 2% nhu cầu. Năm 1991, do áp lực nặng nề từ Hoa Kỳ, Nhật Bản đã chấm dứt hạn ngạch nhập khẩu khoai tây cũng như trái cây có múi. Bò sữa có rất nhiều ở Hokkaido, nơi 25% nông dân điều hành các công ty sữa, nhưng bò sữa cũng được nuôi ở Iwate, Tōhoku, và gần Tokyo và Kobe. Bò thịt chủ yếu tập trung ở phía tây Honshu và trên đảo Kyushu. Lợn nhà, loài động vật thuần hóa lâu đời nhất được nuôi để làm thức ăn, được tìm thấy ở khắp mọi nơi. Thịt lợn là loại thịt phổ biến nhất.

Hầu hết thịt bò nhập khẩu đến từ Úc, vì thịt bò từ Mỹ và Canada đã bị cấm sau những trường hợp bị nhiễm bệnh bò điên đầu tiên tại các quốc gia đó. Những lệnh cấm đã được dỡ bỏ vào năm 2006.